Ada empat orang yang bersahabat di suatu daerah di Bali, bernama Anto, Meli, Wayan dan Andreas. Mereka berasal dari suku dan agama yang masing-masing berbeda. Suatu hari, Bali mengalami banjir di banyak tempat termasuk perkampungan Anto. Masjid dekat rumah Anto rusak parah dan harus diperbaiki, namun belum tersedia cukup dana. Sahabat-sahabat Anto mengumpulkan dana dari teman-teman di gereja, pura dan vihara. Akhirnya, karena semua orang bersatu-padu tanpa memandang bulu, pembangunan masjid pun selesai dengan cepat.

Komik ‘Toleransi Itu Indah’ memberikan informasi tentang beragamnya macam agama di Indonesia, namun budaya toleransi harus tercipta kuat di masyarakat. Indonesia merupakan negara majemuk, dengan begitu banyaknya ras, suku dan agama. Tanpa toleransi dan rasa mengasihi, Indonesia tak akan mampu berdiri sebagai satu kesatuan negara yang besar dan kokoh. Komik ini merupakan salah satu upaya menumbuhkan budaya toleransi antar suku dan agama sejak dini, sehingga Indonesia mampu menjadi negara yang kokoh dan tidak mudah terpecah-belah akibat isu SARA.